Монастырь был создан в XIII веке князем Даниилом Московским святым благоверным. Первый храм, созданный на территории монастыря, посвящен преподобному Даниилу Столпнику.
В 1330 году братия монастыря была переведена в Кремль великим князем Иваном Калитой и с того времени строения монастыря начали приобретать запущенный вид. Возобновление монастыря началось лишь при Иване Грозном в 1560 году. В 1561 году святитель Макарий, митрополит московский провел освещение храма во имя святых Отцов Семи Вселенских Соборов. Мощи благоверного князя Даниила в монастыре были обретены в 1652 году. Во второй половине XVII века старый храм был разобран и на его месте был выстроен новый двухэтажный, сохранившийся до наших дней, также в это время монастырь окружили каменными стенами с 8-ю башнями. В 1752 году над западной папертью монастыря появилась башня с храмом преподобного Даниила Столпника.
Монастырь является местом упокоения многих иерархов Церкви , а также некоторых русских деятелей культуры, таких как: Гоголь, монастырь Рубинштейн, Языков, Перов и другие. В 1918 году монастырь закрыли, но это только формально. Но до 1930 года монашеская жизнь в нем продолжалась. Монастырь был закрыт с 1931 по 1983, в это время в нем размещалась колония для несовершеннолетних преступников.
В 1983 церкви возвратили монастырь, восстановили его за 5 лет, были устроены: поминальная часовня и надкладезная, поминальная. Монастырь в 1988 году стал одним из центров празднования тысячелетия Крещения Руси.